一、增值稅
(一)進項稅
1.抵扣進項稅的增值稅專用發票是否真實合法:是否存在開票單位與收款單位不一致的抵扣發票，或者票面記錄的貨物與實際進項貨物不一致。
2.用于抵扣進項稅的運輸發票是否真實合法:是否用于非增值稅應稅項目、增值稅免稅項目、集體福利和個人消費、非正常損耗商品(服務)、非正常損耗在制品、成品消耗的外購商品(服務)；是否有與購銷商品無關的運費申報抵扣進項稅；輸入是否被國際貨運代理的發票和國際貨物運輸發票扣除；是否存在與開票方、承運方不一致的運輸發票抵扣輸入；進項稅是否以不完整項目的運輸發票抵扣等。
3.是否有未開具統一發票的農產品收購申報抵扣進項稅額的情況。具體包括:擴大農產品范圍，發放非免稅農產品(如方木、枕木、道路木材、鋸材等。)轉化為免稅農產品(如原木)；購買農產品的虛假發票(虛假數量、單價、扣稅)。
4.用于抵扣進項稅的廢舊物資發票是否真實合法。
5.用于抵扣進項稅的海關進口增值稅專用繳款書是否真實合法；進口貨物的品種和數量是否與實際生產相匹配。
6.退貨或銷售折扣是否按規定轉出作為進項稅。
7.非增值稅應稅項目、增值稅免稅項目、集體福利和個人消費、商品(服務)非正常損耗、產品和產成品非正常損耗消耗的外購商品(服務)是否按規定轉出作為進項稅。
8.是否存在返利與其他應付款、其他應收款、其他經常項目掛鉤或營業費用沖減，但進項稅不轉出的情況。
(二)銷項稅
1.銷售收入是否完整及時入賬:是否存在以貨易物或以貨抵債收入未入賬的情況；是否存在銷售產品未開具發票，所得收入未按要求入賬的情況；是否存在銷售收入長期虧損且無收入；是否向其他單位或者個人收取水、電、汽等費用，不包括或者減少收入或者減少費用；是否支付費用(如返利、促銷獎勵、運營費用、寄售商品傭金費用等。)對于該收的銷售款，再把余額記為收入。
2.是否存在銷售行為，且不按規定計提銷項稅:生產或委托加工的貨物用于非增值稅應稅項目、集體福利或個人消費，如食堂、賓館、醫院、托兒所、學校、俱樂部、家庭社區等部門，不計入或低估應納稅所得額；利用自產、委托或外購商品進行投資、經銷、無償捐贈和贈送，改變外購物資用途對外銷售等。，不計算或少報應納稅所得額。
3.是否存在開具不一致的紅字發票抵扣應納稅所得額的情況:發生銷售退貨、銷售折扣，開具的紅字發票及會計處理是否符合稅法規定。
4.是否各種價外費用(如手續費、補貼、代收手續費、利潤返還、獎勵費、違約金、運輸手續費等。)向買方收取的款項按規定征稅。
5.有兩個以上機構并實行統一核算的納稅人將貨物從一個機構轉移到其他機構(不在同一縣市)銷售，以及是否辦理銷售。
6.是否按要求為逾期的包押金計提銷項稅。
7.是否有需繳納增值稅的業務，按營業稅繳納。
8.增值稅混合銷售行為是否依法征稅:增值稅稅法是否應視為銷售征稅行為是否按規定征稅；從事貨物運輸業務的單位和個人，銷售商品和負責運輸所售商品的混合銷售行為，是否按規定繳納增值稅。
9.兼營非增值稅應稅項目的納稅人是否按照規定分別核算貨物或者應稅服務的銷售額和非增值稅應稅項目；未單獨核算或者不能準確核算的，是否按照主管稅務機關核定的銷售貨物或者應稅勞務繳納增值稅。
10 .按照增值稅法的規定應征收的購貨款、進口貨物，是否繳納增值稅。
11.免稅貨物是否依法入賬:增值稅納稅人免征增值稅的貨物或應稅服務是否符合稅法的有關規定；是否存在擅自擴大免稅范圍的問題；對于同樣經營免稅項目的增值稅一般納稅人，免稅和不可抵扣進項稅的計算是否準確。