為落實黨中央、國務院加強監管、狠抓落實的要求，國家稅務總局制定了2016年系統監管工作方案，重點抓好稅收征管體制改革、營改增、落實群眾創業創新稅收優惠政策。全年共開展8次檢查，全面覆蓋各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局和地方稅務局，確保各項稅費改革落到實處
目前，第一次系統監管已全面完成，并取得顯著成效。在第一次系統監管中，國家稅務總局派出6個檢查組，對北京、遼寧、湖北、廣東、云南、陜西等6個省市實施《深化國稅地稅征管體制改革方案》的情況進行專項監管，重點是落實國稅地稅合作標準2.0版、春風便利征稅運動和實施績效管理。視察采取暗訪的形式。他們不僅去省局了解情況，還深入基層單位進行采訪。同時聽取被監督單位的工作匯報，查閱文件資料，分析信息系統數據，召開稅務干部座談會、納稅人座談會，從各個方向、各個角度把握改革落地和實施效果。據統計，此次檢查共召開稅務干部座談會25次，納稅人座談會12次，走訪納稅人92人，走訪稅務服務大廳和基層稅務機關43個，廣泛征求意見和建議。
第一次檢查重點是突出問題，檢查中深入發現問題，檢查后督促整改。檢查發現6個省市稅務機關執行中存在99個問題和18個共性問題。對檢查中發現的問題，及時向被檢查單位反饋，要求制定整改計劃，提出整改措施，明確責任人、時間表和路線圖，并在4月底前完成整改。對于檢查中發現的常見問題，要求各級稅務機關進行自查，明確責任，舉一反三，認真整改。國家稅務總局專門設立了檢查臺賬，記錄各單位存在的問題，并實行對賬和銷售編號。
據國家稅務總局辦公廳有關負責人介紹，3月中旬，按照中央全面深化改革領導小組辦公室的要求，國家稅務總局進一步完善監管工作方案，計劃今年上半年再進行兩次檢查，然后根據改革實施情況，在下半年適時進行檢查， 以便在年內實現各省(區、市)稅務機關監管的全覆蓋。 同時將各地每次檢查整改情況納入績效管理，并對實際測試進行嚴格監督，確保落地有效性。