對一個企業來講，無論是相關法律規定還是企業自身經營需要，設立財務部門都是必需的。較大規模的企業組建財務部門，會直接招聘財務會計人員進行財務部門組建。而新成立的小規模企業，特別是規模較小、正在創業、業務簡單的企業，通常沒有多余的精力和財力進行財務招聘。在這種情況下，代理記賬就應運而生了。代理記賬中存在的問題也就隨之而來了。那么問題有哪些，又有何對策呢。
1.政府立法監督和政府扶持不夠
政府立法監督和扶持力度不夠，給公司發展帶來一定影響。代理記賬作為服務業的新興行業，在其成長的重要時期，迫切需要政府大力扶持。但是政府部門對代理記賬業務重視不夠，缺乏立法監督和政策引導。專門針對代理記賬的法律法規很少。雖然新的《代理記賬管理辦法》實施更加合理，并且有更多對代理記賬有利的規定，但還有不盡完善的地方。解決辦法就是：政府要充分發揮職能，積極做好政策引導并加大執法監督力度。
2.代理記賬行業中受托人與委托人的法律地位不明確
在代理記賬法律關系中，受托人的法律地位問題，應該說一直沒有得到徹底的解決，實踐中爭議很大，這給代理公司帶來很多弊端，它涉及派生的具體問題同樣很多。如受托代理記賬的會計人員是否等同于單位內部會計人員，是否必須履行會計監督職能？如果受托人明知委托人提供的原始憑證虛假或有其他違法、舞弊行為，那么受托人是否應當拒絕接受有關憑證，是否應當終止委托合同？一旦代理記賬后對外提供的財務會計報告出現虛假問題，責任由誰來承擔等等。這些問題都亟需相關機構來加以明確和界定。解決辦法就是公司應盡快明確在代理記賬過程中受托人的法律地位，因為受托代理記賬人員既非委托人內部會計人員，也不是財務會計報告的審計人員，所以，受托代理人不應當同時履行會計監督職能和審計職能。
3.代理記賬機構內部管理還欠缺規范和明確的制度管理
代理記賬機構必須要有健全的代理記賬業務規范和財務會計管理制度。業務規范一般應包括從業人員執業道德規范、業務操作流程、業務質量控制規范等制度；而內部管理制度應包括財務管理制度、會計核算辦法、單位內部控制、業務檔案管理等制度。企業在實際執行中還是存在一些操作不規范、內部管理制度不健全現象，所以看似代理記賬機構的部分內部管理制度即使制定也是形同虛設。解決辦法是公司內部應加強日常監督機制和規范制度。需要加強日常監管不僅僅是加大人力物力投入的問題，更主要的應該是盡快制定詳細的日常監管細則，規定一個具有指導性的規章制度，但是這個制度要真正的實施起來，不能形同虛設，同時強化日常監管，強化淘汰機制。加強代理記賬機構經營方式靈活，既可服務，又可定期定點服務。