盡管商標法并未規(guī)定商標共存協(xié)議在商標近似性判斷中的效力，但經實踐積累，商評委與法院已普遍接受商標共存協(xié)議可以作為商標近似性判斷的考量因素。然而，商標共存協(xié)議可以在多大程度上影響商標近似性判斷仍存爭議。
2016年12月23日，最高人民法院在“NEXUS”商標駁回復審再審案中接受谷歌公司提交的其與引證商標注冊人簽訂的商標共存協(xié)議，并據以判決使用在手持式計算機、便攜式計算機商品上的“NEXUS”商標與使用在自行車用計算機商品上的“NEXUS”商標不構成近似商標 。受該案影響，2017年司法實踐中對共存協(xié)議的接受程度明顯提高。經統(tǒng)計，2017年因接受商標共存協(xié)議而判定商標不近似的敗訴案件共計91起，較去年有所增加。與往年相同，相關案件中涉及的共存協(xié)議基本都是在行政訴訟程序中達成并提交，故行政訴訟中進行近似性審查判斷的基礎與行政程序中的審查判斷基礎已經發(fā)生顯著變化，因此，因共存協(xié)議敗訴的案件亦可歸結為情勢變更情形。
以下為2017年法院接受共存協(xié)議的部分案件(見表5)：
關于共存協(xié)議問題，我們仍然堅持在2016年行政訴訟情況匯總分析中的觀點：商標共存協(xié)議可以減輕商標之間的混淆可能性，但并不能當然取代混淆可能性審查，成為在后商標獲準注冊的充分理由。
嚴格來講，商標權雖為私權，但在先商標權人并無權作出同意他人商標注冊的意思表示。其基于自身利益考慮，可以對他人商標注冊作出放棄主張權利的意思表示。但該意思表示并不當然產生在后商標的注冊不會造成商標法意義上的混淆的結果。商標注冊是否具有混淆可能性，應當由法律授權的審查部門進行審查后決定。在商標授權確權程序中，當事人提交商標共存協(xié)議的目的在于說服審查部門相信在共存協(xié)議約定的條件基礎之上雙方商標的共存使用不會導致消費者混淆。審查機關綜合考慮包括共存協(xié)議在內的可以影響混淆可能性的各項因素后作出判斷。而當商標的基本構成要素：商標標志和商品相同或基本相同時，在先商標權人僅以共存同意書的形式表達放棄權利主張的意思表示，應不足以排除商標法意義上的混淆。正如二審法院在改判第16181926號“MIDO”商標案時所述“訴爭商標標志與引證商標標志高度近似，即使考慮引證商標所有人出具同意書的情況，兩商標共同使用在類似服務上，相關消費者亦會對服務來源產生混淆、誤認”。因此，在商標標志高度近似，商品或者服務相同或者類似的情況下，不能僅以在先權利人的同意而核準在后商標注冊。
以上由于情勢變更、采信新證據以及采信共存協(xié)議敗訴的案件在一審敗訴案件中合計占比46.1%，接近一審敗訴案件的一半。在二審敗訴案件中合計占比37.3%，亦占有相當比重。上述三種敗訴原因皆是由于行政訴訟中案件基礎事實發(fā)生變化導致，并不直接體現為行政機關與司法機關在法律適用上的分歧。