首先，兩者概念不同
商標注銷：指商標局根據商標注冊人本人、或者他人的申請，將注冊商標注銷或部分注銷的法律程序。
商標撤銷：是指國家商標局對違反商標法及有關規定的行為作出決定或裁定，使原注冊商標專用權歸于消滅的程序。依照我國商標法第四十九條的規定，基于法定的事由，商標局可以決定或裁定撤銷注冊商標。
其次，兩者所決定的行為也有所不同
注銷注冊商標有以下三種不同程序
(一)商標注冊人申請注銷其注冊商標的，應按照《商標法實施條例》第四十六條的規定，向商標局提出申請，注銷注冊商標可以是整體注銷，也可以注銷部分指定商品或服務項目。
注銷申請經商標局核準后，該注冊商標專用權或該注冊商標專用權在部分指定商品上的效力自注銷申請之日起終止。
(二) 根據《商標法實施條例》第四十七條的規定，注冊人已死亡或終止一年以上的且未辦理商標移轉手續的，任何人可以向商標局申請將該商標注銷。向商標局申請注銷該商標的，應當提交該商標注冊人死亡或者終止的證據。
經商標局核準注銷的注冊商標，其專用權自該商標注冊人死亡或終止之日起終止。
(三) 根據《商標法實施條例》第三十八條的規定，注冊商標有效期滿后，在法律規定的寬展期內仍未提出續展申請的，該商標予以注銷。
這是商標局鑒于注冊商標已經失效的事實做出的注銷行為，不需要任何人的申請，該注冊商標專用權的效力自有效期滿次日起終止。
商標撤銷根據《商標法》第四十九條的規定，注冊商標使用不當的撤銷的事由包括：
(1)商標局依職權的撤銷：
a、自行改變注冊商標;
b、自行改變注冊商標的注冊人名義、地址或者其他注冊事項;
(2)依申請的撤銷：(任何單位或者個人可以向商標局申請撤銷該注冊商標)
c、注冊商標成為其核定使用的商品的通用名稱;
d、連續三年停止使用注冊商標;
商標注銷與商標撤銷的主要區別有兩種：一是商標注銷后是可以重新申請的，但是商標撤銷后就不能再此申請了。二是，一般來說，商標注銷是主動行為，是商標注冊人主動注銷的行為，而商標撤銷卻是被動行為，是給商標局裁定撤銷或者他人申請撤銷的行為。