中藥祖傳秘方的專利保護，歷來爭論不休，專利代理人主張申請專利，而業內人士一般主張用商業秘密來保護;其實都對也都不全面，要具體情況具體分析;如果喜歡開心財稅的文章，可以關注開心財稅商標查詢網，更多精彩的資訊等著您!
首先，知識產權包括專利、商標、地理標志以及商業秘密等多種形式;其次，具體采取何種形式要根據利益最大化的原則來選取;第三，對于中藥祖傳秘方，要根據權利人對其了解的程度和控制力來決定采取何種具體方法以獲得最大利益。
1、如果只是常用藥物的特殊組合，很容易繞過，最好采用商業秘密的形式保護;2、如果常用藥物的組合，用特殊的工藝制備，可以將藥物的組合申請專利，而特殊的工藝采用商業秘密的形式保護，別人抄你的處方也沒用;3、使用特定地點的藥物原料，可以結合原產地地理標志進行保護;4、如果能夠提取單體，申報化合物專利，，保護范圍是最大的。
所以對于中藥祖傳秘方，我們可以通過不同的途徑來保護我們的中藥祖傳秘方，初期，申請中藥材植物品種保護并且申請原產地地理標志，申請中藥品種保護，同時將原料產業化;中期申請組方專利，進行深加工，制成各種劑型;后期既可以提單體申請化合物專利，同時加上馳名商標以及衍生物的化合物專利。
針對中藥祖傳秘方是否申請專利及技術保密的問題，先尋求有合作意想的醫院或者相關的研究機構進行合作，通過保密協議以及合同的方式來共同研制開發，之后對中藥祖傳秘方申請專利。
中藥祖傳秘方申請專利時，我們要提交中藥祖傳秘方的申請文件，該申請文件包括權利要求書、說明書、說明書摘要;最重要的申請文件為權利要求書和說明書，權利要求書用于確定中藥祖傳秘方的保護范圍;說明書用于解釋支持權利要求書。
中藥祖傳秘方申請專利時，許多中藥祖傳秘方的申請人又想申請專利又想保護自己的秘方，這樣導致在撰寫過程中權利要求書存在缺少必要技術特征的問題，為了避免這個問題，在中藥祖傳秘方申請專利的過程中，申請人要提供詳細的技術交底書，寫出哪些原料藥是中藥祖傳秘方中必不可少的成分，同時還要給出哪些成分可被相同功能的成分替代;這樣我們在撰寫權利要求書時會用上位的概念來保護中藥祖傳秘方，會擴大中藥祖傳秘方的保護范圍。
在中藥祖傳秘方的說明書撰寫中，說明書應包括發明名稱、技術領域、背景技術、發明內容、具體實施方式;技術領域要寫明中藥祖傳秘方直接應用的技術領域;背景技術寫明已有的中藥組合物存在的技術問題;發明內容要記載權利要求書所述的中藥祖傳秘方的技術方案;具體實施方式要記載實施所述祖傳秘方最優的技術方案，通常具體實施方式要提供藥理實驗，來支持權利要求書所述的祖傳秘方的有益效果。因為保護中藥祖傳秘方，實際上是保護一個新的中藥組方;這樣只要證明該中藥組方在所要保護的治療用途上的有效性就可以了。