《國家稅務總局關于落實"三證合一"登記制度改革的通知》稅總函〔2015〕482號 切實規范"三證合一"有關工作流程工商登記"一個窗口"統一受理申請后，申請材料和登記信息在部門間共享，各部門數據互換、檔案互認。各級稅務機關要加強與登記機關溝通協調，確保登記信息采集準確、完整。
各省稅務機關在交換平臺獲取"三證合一"企業登記信息后，依據企業住所(以統一代碼為標識)按戶分配至縣(區)稅務機關;縣(區)稅務機關確認分配有誤的，將其退回至市(地)稅務機關，由市(地)稅務機關重新進行分配;省稅務機關無法直接分配至縣(區)稅務機關的，將其分配至市(地)稅務機關，由市(地)稅務機關向縣(區)稅務機關進行分配。
對于工商登記已采集信息，稅務機關不再重復采集;其他必要涉稅基礎信息，可在企業辦理有關涉稅事宜時，及時采集，陸續補齊。發生變化的，由企業直接向稅務機關申報變更，稅務機關及時更新稅務系統中的企業信息。
已實行"三證合一、一照一碼"登記模式的企業辦理注銷登記，須先向稅務主管機關申報清稅，填寫《清稅申報表》(附后)。企業可向國稅、地稅任何一方稅務主管機關提出清稅申報，稅務機關受理后應將企業清稅申報信息同時傳遞給另一方稅務機關，國稅、地稅稅務主管機關按照各自職責分別進行清稅，限時辦理。清稅完畢后一方稅務機關及時將本部門的清稅結果信息反饋給受理稅務機關，由受理稅務機關根據國稅、地稅清稅結果向納稅人統一出具《清稅證明》，并將信息共享到交換平臺。
稅務機關應當分類處理納稅人清稅申報，擴大即時辦結范圍。根據企業經營規模、稅款征收方式、納稅信用等級指標進行風險分析，對風險等級低的當場辦結清稅手續;對于存在疑點情況的，企業也可以提供稅務中介服務機構出具的鑒證報告。稅務機關在核查、檢查過程中發現涉嫌偷、逃、騙、抗稅或虛開發票的，或者需要進行納稅調整等情形的，辦理時限自然中止。在清稅后，經舉報等線索發現少報、少繳稅款的，稅務機關將相關信息傳至登記機關，納入"黑名單"管理。