分公司雖然有公司字樣，但它不是真正意義上的公司，因為分公司不具有企業法人資格，不具有獨立的法律地位，不獨立承擔民事責任。分公司辦理稅務登記時，稅務機關會要求確認是獨立核算還是非獨立核算，那什么是獨立核算?什么是非獨立核算?
獨立核算是指分公司單獨設立賬簿、憑證，對經營活動進行全面、系統的會計核算。非獨立核算是指分公司不單獨設立賬簿、憑證，而是將經營活動的財務資料定期上報給總公司，由總公司進行匯總核算。
獨立核算與非獨立核算的分公司在增值稅方面：《增值稅暫行條例》第二十二條規定，增值稅納稅地點：固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅?？倷C構和分支機構不在同一縣(市)的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅;經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。獨立核算與非獨立核算的分公司跨地區匯總繳納企業所得稅的：獨立核算的分公司單獨核算應納稅所得額，由總公司匯總計算，按分配比例計算分配后各總分機構就地預交;非獨立核算的分公司由總公司統一核算應納稅所得額，按分配比例計算分配后各總分機構就地預交。
根據《國家稅務總局公告2012年第57號》國家稅務總局關于印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》的公告 第二條規定：居民企業在中國境內跨地區(指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同)設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業(以下簡稱匯總納稅企業)，除另有規定外，其企業所得稅征收管理適用本辦法。 第五條規定：不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。目前青島地區匯總納稅的分支機構，預交企業所得稅時的稅率通按25%計算。