重慶商標注冊申請的流程如下：
商標查詢(2天內)→申請文件準備(3天內)→提交申請(2天內)→繳納商標注冊費用→商標形式審查(1個月)→下發商標受理通知書→商標實質審查(12個月)→商標公告(3個月)→頒發商標證書。(2014.05.01實施新的商標法，商標實質審查期9個月。)
1、商標查詢
商標查詢是指商標注冊申請人或其代理人在提出注冊申請前，對其申請的商標是否與在先權利商標有無相同或近似的查詢工作。
以下幾種情況在此說明：
1)本身缺乏顯著性或屬于商標法律禁注禁用的詞語不能通過查詢來判斷其申請注冊是否能被核準;
2)如有在先申請的相同或近似商標在查詢時還未進入商標局數據庫，因兩者時間相近會使查詢結果無法反映;
3)如查詢報告提供了幾個可能構成近似的商標，代理人只是通過一般審查標準和經驗來做出分析，其意見僅供參考，并不能代表商標局的審查意見;
4)對于組合商標，如僅查詢了商標的一部分(如中文或英文)，而實際申請商標中的其它部分(如圖形)與他人的注冊商標相同或近似也會導致商標整體被駁回;
5)委托人在查詢時僅提供了商標的名稱，但實際申請時所提供的商標設計稿中由于字體、色彩、結構或排列的差異，也會導致查詢結果不能完全反映相同或近似的程度。
2、商標審查
商標審查分形式審查和實質審查。
①商標形式審查(3—4個月)，確立申請日十分重要,由于中國商標注冊采用申請在先原則,一旦發生申請日的先后成為確定商標權的法律依據,商標注冊的申請日以商標局收到申請書件的日期為準，商標局收到商標申請書對于符合形式要件的申請書發放受理通知書。
②商標實質審查(12個月)，商標實質審查是商標注冊主管機關對商標注冊申請是否合乎商標法的規定所進行的檢查.資料檢索.分析對比.調查研究并決定給予初步審定或駁回申請等一系列活動。
在此期間，在該商標未獲準注冊以前，請不要在使用中標注注冊標記(如：“注冊商標”、“?”等)，可以標記“TM”。另外，在未核準注冊以前，帶有該商標的商品及包裝物，或商標標識不宜一次制作過多，以防因注冊受阻而造成不必要的損失。
3、初審公告
商標的審定是指商標注冊申請經審查后，對符合《商標法》有關規定的，允許其注冊的決定。并在《商標公告》中予以公告。三個月內沒有人提出異議或提出異議經裁定不成立的，該商標即注冊生效，發放注冊證。
1枚商標1次申請官費為600元，可以選擇10個商品或服務類別，不足10個類別仍收取600元官費，超過10個類別超出部分按照60元/個類別收取官費。
2013年10月1日前，每件提供商標注冊證明申請的官費為1000元
在2013年10月1日調整為每件800元。
至2015年10月15日調整為每件600元。
委托商標代理機構辦理的，申請人應向商標代理機構繳納商標注冊證明官費和代理費，商標局收取的商標注冊證明規費從該商標代理機構的預付款中扣除。
重慶商標注冊的注意事項：
1、商標注冊先行策略：先注冊才有利于保護商標;自然人、法人或者其他組織對其提供的服務項目，需要取得商標專用權的，應當向商標局申請服務商標注冊。也就是說，要取得商標專用權，保護企業的商品，應進行注冊，取得商標專用權;
2、商標設計創意策略：選擇組合商標和顯著性強商標;設計的商標應為創意之作，顯著性強。商標應容易與其他商品區分開來;
3、商標的注冊范圍策略：用防御商標一主多輔類別注冊;商標注冊要適當選擇注冊的范圍，即應選擇適當的類別;
4、商標的地域注冊策略：進行商標的跨國注冊;知識產權具有地域性，商標也一樣具有明顯的地域性;
5、商標注冊的聯合商標策略：同類商品注冊多個商標以作防衛;企業可以注冊聯合商標，聯合商標是指同一商標所有人在相同或類似商品上注冊的幾個相同或者近似的商標，有的是文字近似，有的是圖形近似，這些的商標稱為聯合商標;
6、商標注冊的主副商標策略：注冊副商標進行品牌延伸;利用消費者對現有成功主商標的信賴和忠誠度，推動副商標產品的銷售，取得市場優勢;
7、商標注冊的續展策略：到期續展防商標注銷;商標注冊后不是萬事大吉，每10年應續展一次，如在續展期不續展，將被注銷，不再保護;
8、商標注冊的搶注策略：搶注商標以阻止扼殺競爭對手;企業要做大做強，會有不少競爭對手。為了阻止甚至擊垮競爭對手，企業應全方位尋找他的弱點;
9、商標注冊的網絡域名結合策略：構建信息化時代宣傳保護商標及產品的平臺。