增值稅發票系統2.0版集成了稅控系統、電子底賬系統及綜合服務平臺(包括稅務版和企業版)，優化升級了原增值稅發票選擇確認平臺和發票查驗平臺，為納稅人提供了增值稅發票的網上抵扣勾選、退稅勾選、代辦退稅勾選、進項發票查詢、成品油消費稅管理和進銷項發票下載等功能。增值稅發票綜合服務平臺(企業版)是現有增值稅發票選擇確認平臺的升級版，在原有基礎上進行了功能的完善和風格的優化，可以為納稅人提供增值稅發票網上抵扣勾選、退稅勾選、代辦退稅勾選、成品油消費稅管理、進銷項發票查詢和下載等功能。增值稅發票綜合服務平臺(企業版)上線運行后，原增值稅發票選擇確認平臺不再使用。增值稅綜合服務平臺作為增值稅發票管理系統2.0版重要組成部分，其新增功能及優化之處為：抵扣勾選增加確認簽名、注銷勾選、回退稅款所屬期、異常發票查詢等功能，抵扣勾選可根據實際情況調整有效抵扣稅額或不抵扣。
特別注意所有發票均需確認用途后再進行勾選：可勾選的發票類型為：增值稅專用發票、機動車銷售統一發票、增值稅電子普通發票(通行費)。發票用途包括：用于申報抵扣或不抵扣、用于出口退稅和代辦退稅，三項用途相互獨立、同一份發票只能選擇其中一項用途。此外，掃描認證的發票默認用途為申報抵扣，納稅人也可根據實際情況調整有效抵扣稅額。
抵扣勾選增加確認簽名操作
優化后的抵扣勾選流程為：勾選可抵扣發票、申請統計、查詢統計表、確認簽名，以上步驟完成后即可進行增值稅申報。納稅人可根據需要在確認簽名之前撤銷勾選，重新確認用途后再次勾選。